Administrar el correcto cumplimiento de las políticas y reglamentos académicos generales y específicos vigentes, además de las disposiciones que emita el H. Consejo Universitario, que regulan el ingreso, permanencia y egreso de los estudiantes en la Universidad Autónoma Chapingo, a partir de una gestión eficiente, racional y de calidad de los recursos humanos, técnicos y financieros; con el propósito de  contribuir a la realización de la misión institucional. 

La Subdirección de Administración Escolar (SAE) es un área de gestión universitaria flexible e innovadora, fundamental en la vida de la Universidad Autónoma Chapingo por el seguimiento y propuestas pertinentes de la legislación universitaria que permitan hacer una institución vanguardista en la realización de sus funciones sustantivas. Ofrece servicios escolares e información oportuna, de calidad para los distintos usuarios y la comunidad universitaria en general, a través del uso de tecnologías de información y comunicación actuales. La gestión de la SAE se caracteriza por su capacidad para responder con oportunidad y prontitud a los retos que plantean las actividades académicas en una institución dinámica, por la transparencia en la toma de decisiones, en la asignación y aplicación de recursos así como en la rendición de cuentas sobre su quehacer.

1. Controlar el eficaz funcionamiento de los sistemas de registros académicos además de garantizar un seguro resguardo de las bases de datos; expedir y certificar documentos escolares de manera rápida y segura.
2. Aplicar las políticas y reglamentos para el proceso de admisión y selección de estudiantes.
3. Proveer de información estadística a otras instancias para la planeación y toma de decisiones, así como proponer modificaciones a la normatividad académica en general.
4. Resguardar y procesar la información escolar derivada de los distintos sistemas de registro bajo estrictos procedimientos de seguridad y calidad, con el fin de mantener una base de datos que funcione como insumo para la toma de decisiones en la Universidad.